どう違うんでしょうかねぇ。
個人的には
数理ファイナンス
確率論の理論を背景として、少しは厳密な数学を用いて金融を考える分野。
金融工学
厳密な数学は横においておいて、実務での利用を目標とした分野。
といった感じで使い分けるかなぁ。
そういえば、数理ファイナンスの本には大抵
数理ファイナンスの基本定理
（Foundamental Theorem of Asset Pricing）
について論じてると思うけど、
金融工学の本では、当然成り立つものとして日本語で説明してるのが大半という気がする。
（市場は無裁定と仮定してるんだから、成り立って当然でしょ。みたいな感じで）
うーん、どうなんでしょうかねぇ。